Mediante la Ordenanza Nº 0444 del 18 de agosto de 2011, el Consejo Superior de la Universidad Nacional del Comahue, le otorgó el título de Honoris Causa al Dr. José Fernando Bonaparte. 

La Comisión Ad Hoc que le brindó dicho reconocimiento estuvo integrada por el Dr. Alexander W. A. Kellner, Dra. Zulma Gasparini, Dr. Jorge Valles, Dra. Marta Franchini y Dra. Eliana Aqueveque, quienes destacaron que Bonaparte reúne sobrados méritos para ser distinguido por la Universidad.

El reconocido paleontólogo cuenta con una vasta producción científica desarrollada durante más de 50 años de actividad ininterrumpida que significó un hito en el conocimiento de las faunas de vertebrados fósiles de nuestro país, incluyendo al Jurásico y Cretácico de la Patagonia llevando a cabo una tarea histórica, también sus estudios han trascendido los límites de la Argentina ya que desarrolló su creatividad y docencia en diversos países de Europa, África y Sudamérica.

Bonaparte es el creador de una escuela de Paleontología de Vertebrados que influyó de manera decisiva en la mayoría de los investigadores que lo precedieron, mucho de los cuales están hoya cargo de los museos y campañas llevadas a cabo en la Patagonia Norte, sede de nuestra Universidad.